خدابنده در آن موقع در شهر قم مشغول سركوبي مخالفانش بود و مردم قزوين با آغوش باز شاهزاده را پذيرفتند و پس از اندك زماني بيشتر سران نظامي خدابنده و ابوطالب ميرزا به شاهزادة جوان پيوستند .
خدابنده به قزوين آمد و پادشاهي پسرش را تأييد كرد . تعجب در اين است كه شاه عباس دو سال بعد از اين واقعه دستور كور كردن پدرش طهماسب و برادرانش ابوطالب ميرزا و طهماسب ميرزا را صادر كرد و آنها را به قلعه‌أي در الموت فرستاد .
اين امر را زياد هم به قساوت قلب شاه عباس نبايد نسبت داد چون در آن موقع سرداران قزل‌باش قدرت بسيار داشتند و كافي بود پادشاه ضعيف يا كودكي را كه نسب پادشاهي داشت در اختيار خود بگيرند و به نام او قيام كنند . بنابراين عمل شاه عباس از نظر مصلحت كشورداري منطقي بود و نبايد امروز زياد باعث تعجب ما گردد .
پس از آن به غلامانش دستور داد 22 نفر از سران قزل‌باش را بقتل برسانند و به اين طريق از ابتدا جلوي پيشرفت بعضي از امراي خودسر قزل‌باش را گرفت . سپس با دو شاهزاده خانم صفوي ازدواج كرد ولي نه قتل امرا نه سروصداي جشن عروسي مانع از اين نشد كه پادشاه جوان متوجه وضع بد كشورش باشد .
در اين موقع از مشرق و مغرب ايران مورد خطر قرار گرفته بود . در مشرق عبدالله خان ازبك به خراسان هجوم آورده بود و شهر هرات را محاصره كرده بود و علي قلي خان شاملو از شهر دفاع ميكرد . شاه عباس دير رسيد و هرات به دست ازبكها افتاد و عسكريان را بقتل رسانيدند و زنها را به اسارت بردند و شهر را غارت كردند و وقتي شاه عباس به هرات نزديك شد آنها با غنائم به محل اصلي خود مراجعت كردند .
شاه عباس دستور داد سرداراني را كه خيانت كرده بودند به قتل برسانند سپس مريض شد و ناچار شد مدتي بخوابد و ازبكها از اين فرصت استفاده كردند و پادشاهشان عبدالمؤمن بن عبدالله خان از بخارا حركت كرد و مشهد را محاصره نمود و پس از چهار ماه آنرا مسخر كرد (999) و تمام روحانيون شيعه را بقتل رسانيد و به مرقد مطهر بي‌احترامي كرد و آنرا غارت نمود و آثار گرانبهايي را كه در مدت چندين قرن در آن محل گرد آورده شد بود از بين برد . كتابخانه آستانه را نيز مورد تجاوز قرار داد . حتي بعضي قبرها مانند قبر شاه طهماسب را شكافتند و به استخوانهاي او بي‌حرمتي كردند . تعدادي زن و مرد و كودك و سالخوردگان را به قتل رسانيدند و پس از اينكه شهر را ويران نمودند عده‌أي را اسير كرده بطرف بخارا روان كردند و شهرهاي هرات و نيشابور و سبزه‌وار و اسفراين نيز از خرابيهاي آنها مصون نماندند .
هنگام به تخت نشستن شاه عباس شيروان و گرجستان و ايروان و قراباغ و تبريز و قسمتي از آذربايجان و لرستان و خوزستان نيز به دست پادشاه عثماني افتاده بود .
در تاريخ 995 سردار عثماني فرهاد پاشا قشون ايران را در بغداد شكست داد و گنجه و قراباغ را گرفت و تقريبا نيمي از كشور شاه طهماسب به اين طريق از دست رفت .
شاه عباس با سلطان مراد سوم در سال 999 صلح كرد و سپس به سركوب كردن مخالفان خود دركشور پرداخت و به شيراز و كرمان و گيلان و خرم‌آباد و لرستان لشكر كشيد و در سال 1007 به نيشابور و مشهد لشكركشي كرد و ازبكها را شكست داد و هرات را متصرف شد و در سال 1090 آنها را از مرو نيز بيرون كرد و در سال 1011 تصميم گرفت بلخ را نيز متصرف شود ولي گرماي شديد و امراض مسري صدمات زياد به لشكريانش زدند و از اين لشكركشي نتيجه سودمندي نگرفت .
در تاريخ 1012 تبريز و نخجوان و ايروان و گرجستان را مجددا از سلطان عثماني پس گرفت و كاپيتان پاشا شيغاله‌زاده را شكست داد و از آن تاريخ شاه عباس همواره در جنگ با لشكريان سلطان فاتح بود و بالاخره در تاريخ 1022 در اسلامبول بين سلطان احمد اول و شاه عباس معاهده صلحي برقرار شد و آذربايجان و شيروان وايروان و كردستان و بغداد و كربلا و نجف و موصل و ديار بكر رسما جزو كشور ايران گرديد .
شاه عباس در تاريخ 1032 قندهار را نيز متصرف شد و با جهانگير پادشاه هند از در دوستي درآمد و ضمنا امام قلي خان نيز با كمك كشتي‌هاي انگليسي جزيره هرمز را پس گرفت .
شاه عباس در داخل كشور خود قدرتهاي ملوك‌الطوايفي را از بين برد و به جاي قزلباشها شاه‌سونها را بوجود آورد .
وي چنين صلاح ديد كه اصفهان را به جاي قزوين به عنوان پايتخت انتخاب نمايد و از سال 1006 به بعد مشغول ساختن ابنيه و كاخها و مساجد در آن شهر گرديد . در آن موقع اصفهان 80000 نفر جمعيت داشت و در آن كاخي به نام نقش جهان ساخته شده بود . شاه عباس نقشه جامعي براي بزرگ كردن شهر ترتيب داد و خيابانهاي وسيعي در آن قرار داد و پل زاينده رود را ساخت و بازارهايي بوجود آورد كه هنوز باقي است . و همانطور كه ميدانيد عاليقاپو و مسجد شاه را در كنار ميدان بزرگ شاه بنا نمود كه در زمان خود جزو زيباترين ميدانهاي جهان بود
شعر شیخ بهایی